Karakteristik Fragmen rDNA Phytophthora sp. dari Buah Kakao Berdasarkan Kemiripan Sekuen DNA dan Situs Pemotongan Enzim Restriksi
Keywords:
Phytophthora palmivora, fragmen rDNA, PCRAbstract
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik fragmen rDNA Phytophthora sp. dari buah kakao berdasarkan kemiripan sekuen DNA dan situs pemotongan enzim restriksinya. Karakterisasi fragmen rDNA Phytophthora sp. dilakukan dengan mengamplifikasi fragmen rDNA menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reactions) dengan primer spesifik Phytophthora (Phy-F dan Phy-R) yang dapat mengamplifikasi sekuen ITS 1, 5.8S rRNA, dan ITS2. Fragmen rDNA tersebut selanjutnya diurutkan nukleotidanya dan dianalisis menggunakan: program BLAST (Basic Local Alignment Search Tools) untuk mengetahui kemiripannya dengan DNA lain, dan program BioEdit untuk mengetahui situssitus pemotongan enzim restriksi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa fragmen rDNA yang dihasilkan berukuran 787 pb; memiliki kemiripan sebesar 99% dengan Phytophthora palmivora; dan tidak memiliki situs pemotongan enzim restriksi berupa AflI, EcoRV, dan MfeI sehingga dapat digunakan sebagai penciri Phytophthora palmivora dibanding dengan Phytophthora lainnya. Berdasarkan hasil karakterisasi menunjukkan bahwa primer Phy-F dan Phy-R dapat digunakan untuk mengamplifikasi fragmen rDNA Phytophthora palmivora.